Situé au cœur du Jardin botanique de Montréal, le Centre sur la biodiversité constitue un pôle d'excellence d'envergure internationale dans le domaine de la biodiversité.

Le Centre comprend entre autres une salle d'exposition où les nombreux visiteurs du Jardin botanique peuvent se renseigner sur la biodiversité, les dangers qui la guette, et les moyens pour la préserver. Ce hall d'exposition met en valeur les collections biologiques et l'importance de la recherche et de la relève scientifique dans la préservation de la biodiversité.

Cette collection amorcée en 1973 s'est enrichie au fil des ans grâce à la générosité de Marjorie et Gerald Bronfman. La collection Bronfman, hébergée au Centre d'exposition de l'Université de Montréal, regroupe plus de 340 croquis de costumes de théâtre provenant principalement du Festival shakespearien de Stratford. Elle met en valeur le travail d'artistes ayant marqué la jeune histoire du costume de théâtre au Canada.

Fondée au début des années 1930 par Gustave Chagnon et le frère Joseph Ouellet, la Collection entomologique Ouellet-Robert connut une expansion considérable grâce aux travaux d'Adrien Robert et à ceux des professeurs et étudiants qui se sont succédé au Département des sciences biologiques.

La collection compte aujourd'hui environ 1,5 million de spécimens d'insectes appartenant à quelque 20 000 espèces, dont 12 000 répertoriées au Québec. La Collection est particulièrement riche en insectes aquatiques.

La division des archives et de la gestion de l'information de l'UdeM s'occupe de l'acquisition, du traitement et de la conservation de 400 fonds institutionnels (documents produits par les facultés, départements, écoles et services) et de 300 fonds privés (documents de professeurs et de chercheurs) totalisant 1,4 kilomètre linéaire de documents textuels, auxquels s'ajoutent plus de 40 000 photographies, 24 000 archives imprimées ainsi qu'une grande quantité de documents iconographiques et audiovisuels. 

L'herbier Marie-Victorin possède une vaste collection de plantes vasculaires et de bryophytes. Avec plus de 634 640 spécimens, il est reconnu mondialement et se trouve au 4e rang des herbiers canadiens. Il sert à la recherche et à l'enseignement.

L'Herbier appartient à l'Institut de recherche en biologie végétale.

La Collection d'instruments de musique du Laboratoire de recherche sur les musiques du monde (LRMM) a démarré en 1989. À ce jour, elle compte près de 550 instruments d'origines diverses et quelque 1000 documents sonores inédits.

Entreprise par la professeure Monique Desroches, qui aujourd'hui en est responsable, cette collection est constituée en majorité de dons de la communauté universitaire. Elle se caractérise par l'unicité des instruments qui la compose, dont plusieurs émanent de récupération végétale, animale ou industrielle. La Collection sert à l'enseignement, à la recherche et au rayonnement institutionnel.

L'UdeM est la seule université canadienne à être dotée d'une telle collection scientifique.

Le Musée Eudore-Dubeau, situé au Centre d'exposition de l'UdeM, porte le nom du 1er doyen de la Faculté de médecine dentaire. Il comprend plus d'un millier d'artefacts et de livres et regroupe des instruments de travail, du mobilier, des livres anciens, des manuels scolaires, des gravures et des caricatures. Chaque objet retrace l'itinéraire de la profession et ses progrès à travers les âges.

La Bibliothèque des livres rares et collections spéciales regroupe plus de 150 000 documents, dont quelques manuscrits, des incunables – le plus ancien datant de 1470 –, quelques centaines de documents iconographiques et des livres d'artistes. Le fonds couvre tous les domaines, depuis les débuts de l'imprimerie jusqu'à nos jours.